1、產地不同：南紅瑪瑙的主要產地是云南，而瑪瑙的主要產地則是新疆。
2、顏色不同：南紅瑪瑙以紅色為主，有朱砂紅、玫瑰紅等多種顏色，其中以柿子紅最受歡迎；而瑪瑙通常只有一種顏色，即純正的白色或者灰白色。
3、價格不同：由于南紅瑪瑙的數量稀少且開采難度大，所以南紅瑪瑙的價值遠高于普通瑪瑙，市場上優質的南紅瑪瑙更是可遇不可求。
4、應用范圍不同：南紅瑪瑙與瑪瑙雖然都屬于玉石品類，但二者在應用領域卻存在著較大差異，南紅瑪瑙通常被制作成各式各樣的首飾和擺件，而瑪瑙則通常被當做雕刻材料使用。
5、保養方法不同：南紅瑪瑙與瑪瑙的保養方法也不盡相同，南紅瑪瑙的硬度低，所以平時佩戴時需要注意避免磕碰劃傷，否則會影響美觀效果；而瑪瑙的硬度較高，因此不易出現磕碰劃傷的情況，平時清洗時可直接放入水中浸泡。
6、功能不同：南紅瑪瑙除了具備瑪瑙的基本特性外，還兼具很強的養生功效，長期佩戴南紅瑪瑙可起到活血化瘀、消炎止痛的作用，對身體健康十分有益。
7、名稱不同：南紅瑪瑙與瑪瑙的英文名稱均為“ Nephrite”，但是南紅瑪瑙的英文名稱為“ Nanhong Marble”，而瑪瑙的英文名稱為“ Silicate”。
8、收藏價值不同：南紅瑪瑙與瑪瑙雖然都屬于玉石品類，但二者在收藏價值上卻存在著較大差別，南紅瑪瑙通常具有極高的收藏價值，而瑪瑙的收藏價值則相對較低。