真核細胞和原核細胞的區別在于組織、遺傳以及生殖。原核細胞的體積比真核細胞的大，并且原核細胞細胞壁的成分是肽聚糖，真核細胞的細胞壁的主要成分是纖維素以及果膠。其共同點是都有細胞的基本結構，都具有核糖體、但真核細胞有其他細胞器、原核細胞僅有核糖體。
兩者區別：
組織上的區別。原核細胞的體積比真核細胞的大，并且原核細胞細胞壁的成分是肽聚糖，真核細胞的細胞壁的主要成分是纖維素以及果膠。兩種細胞在細胞器這一塊也有區別，原核細胞只有一種細胞器：核糖體。真核細胞有多種細胞器：細胞質、細胞核、溶酶體、內質網、高爾基體等等。原核細胞的ＤＮＡ是裸露的并且沒有染色體、沒有染色質。真核細胞是有染色體以及染色質。
遺傳以及生殖的區別。原核細胞的遺傳不具備孟德爾的遺傳規律，真核細胞的遺傳主要遵循的是孟德爾遺傳規律。并且原核細胞的變異主要來自于基因突變，真核細胞有基因突變、基因重組、染色體變異的三種方式。原核細胞不能進行有絲分裂和減數分裂、無絲分裂三種方式，真核細胞具備兩種分裂方式。原核細胞的生殖方式是無性，依靠分裂進行生殖。真核細胞是有性生殖。
共同點：
都具有類似的細胞質膜結構，都以DNA作為遺傳物質，并使用相同的遺傳密碼。
具有相同的遺傳信息轉錄和翻譯機制，有類似的核糖體結構。
代謝機制相同，具有相同的化學能貯能機制，如ATP合成酶。
光合作用機制相同，膜蛋白的合成和插入機制相同。都是通過蛋白酶體降解蛋白質。