細菌與真菌最主要的區別在于真菌有成形的細胞核，細菌沒有成形的細胞核，只有擬核。真菌細胞核中有染色體，細菌沒有像真核生物細胞中那樣的染色體。細菌沒有核糖體以外的細胞器，而真菌有。
細菌是許多疾病的病原體，可以通過各種方式，如接觸、消化道、呼吸道、昆蟲叮咬等在正常人體間傳播疾病，具有較強的傳染性，對社會危害極大。人類也時常利用細菌，例如乳酪及酸奶和酒釀的制作、部分抗生素的制造、廢水的處理等，都與細菌有關。在生物科技領域中，細菌也有著廣泛的運用。
真菌，是一種具真核的、產孢的、無葉綠體的真核生物。包含霉菌、酵母、塊菌（即蘑菇）以及其他人類所熟知的菌菇類。真菌獨立于動物、植物和其他真核生物，自成一界。真菌的細胞有含甲殼素，能通過無性繁殖和有性繁殖的方式產生孢子。