大小區別：原核細胞小；真核細胞大。
種類區別：原核細胞包括細菌、藍藻、放線菌等；真核細胞包括動物、植物、真菌等。
細胞壁區別：原核生物為肽聚糖；真核為纖維素和果膠。
繁殖區別：原核生物只進行無性生殖；真核細胞進行有性生殖。
遺傳規律區別：原核生物遺傳不遵循孟德爾的遺傳規律；真核生物遺傳遵循孟德爾的遺傳規律。
原核細胞概念
原核細胞是組成原核生物的細胞。這類細胞主要特征是沒有以核膜為界的細胞核，也沒有核仁，只有擬核，進化地位較低。原核細胞沒有核膜，遺傳物質集中在一個沒有明確界限的低電子密度區。DNA為裸露的環狀分子，通常沒有結合蛋白，環的直徑約為2.5納米，周長約幾十納米。沒有恒定的內膜系統，核糖體為70S型，原核細胞構成的生物稱為原核生物，均為單細胞生物，通常稱為細菌。
真核細胞概念
真核細胞指含有真核（被核膜包圍的核）的細胞。其染色體數在一個以上，能進行有絲分裂。還能進行原生質流動和變形運動。而光合作用和氧化磷酸化作用則分別由葉綠體和線粒體進行。除細菌和藍藻植物的細胞以外，所有的動物細胞以及植物細胞都屬于真核細胞。