以國務院批準實施《長江三角洲地區區域規劃》為契機，大力開展科技創新、技術服務、人才培養和高新技術產業化工作，為更好地發揮清華大學服務社會職能，推動長三角地區經濟社會發展方式轉變，實現科學發展、和諧發展、率先發展作出積極貢獻。中心將秉承清華大學“行勝于言”的校風，立足浙江，服務于長三角、珠三角等中國經濟發展中心，通過專業的服務與客戶共同成長，為中國人才培養和經濟發展做出貢獻。面向國際競爭，面向浙江與長三角地區經濟社會發展需求，在先進制造、信息技術、生物醫藥、生態環境保護、海洋資源開發等領域，設立重點實驗室、工程研究中心和博士后流動站，建立國際技術轉移中心和繼續教育基地。
浙江清華長三角研究院是由浙江省人民政府與清華大學本著優勢互補、共同發展的精神聯合組建的研究機構，為實行企業化管理的事業單位。辦院宗旨是以清華大學科技、人才為依托，立足浙江，面向長三角地區經濟社會發展需求。