1、產權年限短：公寓一般都是建在商業用地或者工業用地上，所以公寓房的產權年限大多為50年或者40年。但是普通商品房的產權年限大多為70年，由此可見公寓房的產權年限比普通住宅的產權年限要短。2、落戶成難題：部分公寓是在商業用地上建起來的項目，是商業性質的，不符合落戶的規定，因此不能落戶。
3、稅費高轉手難：購買和出租公寓交納的稅費都要比普通商品房高根據我國的相關政策，普通商品房二手交易時可免收土地增值稅，但時商用公寓交易時不能免收。不但不能免交土地增值稅，還需交納增值稅、各項稅費加起來通常達到房屋交易總價的10％至14％。因此轉手難。4、居住的人多：公寓大多是小戶型，所以梯戶比通常是兩梯十戶，甚至說更多，居住的人員不僅多而且雜亂，因此生活的安全性和私密性都無法得到很好地保障。
5、居住成本高：公寓房的水電費都是按商業用電的標準繳納，所以購買公寓房的居住成本是比較高。比如如果住宅物業用水的收費標準為2元／立方米，那么商業物業用水的收費標準通常會達到為4元／立方米；住宅的用電收費標準為0．5元／度，公寓的用電收費標準就可能會是1元／度。這樣一算，日常的生活開支就多了不少啊！6、通風不佳：公寓房往往為了安全考慮，一般都是不通風的。由于戶型小的原因，因此公寓房的廚房一般為開放式，自然就容易產生油煙味；另外還有存在暗衛的可能，這樣一來，長久居住的話就會受到異味的困惱。